הקרקע החקלאית (האדמה) היא משאב סופי ומתכלה שיש לשמר ולטפח. עקב תנאים טבעיים ו/או שימושי קרקע שונים נוצרים תהליכים הפוגעים ומדלדלים את הקרקע, כתוצאה מכך נפגע כושר "הנשיאה" (היצור) ונגרמת פגיעה (לעיתים בלתי הפיכה) בחקלאות ובסביבה. הקטנת הנגר והסחף במעלה אגן ההיקוות מעשירה את הקרקע ומצמצמת את הפגיעה בתשתיות במורד. החקלאות המודרנית האינטנסיבית מאיצה את תהליכי דילול הקרקע. עיקר בעיות הסחף הינן בשטחי השלחין בקרקעות מדרוניות שם ממשק החקלאות והעיבודים הרבים יוצרים תנאים אשר עלולים לגרום לעידוד סחף קרקע. רשות הניקוז מבצעת, בשיתוף פעולה עם החקלאים, פעולות שימור קרקע רבות אשר מטרתן מניעת סחף קרקע, הגדלת חלחול המים ומיתון שיטפונות. פעולות אלו מתרחשות הן בשטחים החקלאים והן שטחים הפתוחים. דוגמא לפעולות אלו הן השיחים – סוללות עפר אשר משמשות כטראסות ומותאמות לממשק הגידול המודרני (כל שיח נעשה לפי ממשק הגידול בכל שדה/מטע ספציפי). מטרת השיחים הינה מניעת סחף ע"י כך שהוא קוטע את הזרימה במורד ומוביל את המים בשיפועים מתונים אשר, כפועל יוצא, מאריכים את קווי הזרימה ומקלים על הניקוז במורד (הקטנת ספיקות ומניעת סחף אשר סותם את ערוצי הניקוז ועלול לגרום להצפות). בנוסף, מבוצעות בריכות השהייה ומלכודות סחף אשר מטרתן הגדלת חלחול המים ותפיסת הסחף במעלה (ככל הניתן) והשבתו לשטחים החקלאיים. בשנים האחרונות הובילה רשות הניקוז מהלך של החזרת קרקע חקלאית לאזורים חקלאיים סחופים ע"י ניצול עודפי חפירה של פרוייקטי תשתיות גדולים ובנייה של שיחים בשטחי שלחין מדרוניים. כמו כן, עוזרת רשות הניקוז, בשיתוף עם משרד החקלאות, בתכנון שדות ומטעים כך שישלבו בצורה האופטימלית ממשק גידול מודרני ויעיל, ממשק משמר קרקע (כיווני שורות, גידולי כיסוי, מתקני שימור קרקע, מינימום פליחה ועוד) וניקוז.