רשות ניקוז ונחלים ירדן דרומי שואפת ליצור מרחב אגני מנוהל, מקיים ומוגן לאדם ולטבע, מתוך תפיסה הוליסטית הרואה במערכות הנחל, הקרקע והקהילה מארג שלם ותומך. הרשות פועלת לשיקום נחלים, מניעת הצפות, שמירה על קרקע חקלאית ועל מגוון ביולוגי, תוך חיזוק תחושת השייכות והמעורבות של הקהילות המקומיות. עקרונות פעולתה נשענים על ידע מקצועי ומקומי, למידה מתמדת, שותפות ואמון עם כלל הגורמים, וגמישות ניהולית המאפשרת מענה לשינויים סביבתיים ואקלימיים. הצלחתה נמדדת בבריאות המערכת האקולוגית, בשילוב מרחבי טבע ונוף כמרחבים ציבוריים וביכולת לשמר את איזון היחסים בין אדם, חקלאות וטבע לאורך זמן.